IDI dianggap sebagai ‘musuh’ tak terduga dalam skema reformasi kesehatan Pemerintah karena sikapnya yang tegas menolak metode omnibus law dan substansi pasal-pasal yang dianggap mengancam otonomi profesi. Penolakan utama IDI berpusat pada pencabutan kewenangan memberikan rekomendasi Surat Izin Praktik (SIP) dan penghapusan konsep organisasi profesi tunggal. Bagi IDI, kewenangan ini adalah instrumen utama untuk melakukan kendali mutu profesi dan menjaga standar etika dokter. Pemerintah berdalih ini adalah demokratisasi dan efisiensi birokrasi, namun IDI khawatir pemindahan kendali ini akan merusak profesionalisme dengan menempatkannya di bawah kontrol penuh birokrasi, bukan keilmuan.
Konflik ini juga dipicu oleh kekhawatiran IDI terhadap sentralisasi kekuasaan yang berlebihan ke Kementerian Kesehatan. UU Kesehatan dinilai menjadikan Kemenkes sebagai super-body yang mengendalikan hampir seluruh aspek kesehatan, dari hulu (pendidikan dokter) hingga hilir (praktik). Sikap ‘melawan’ IDI muncul sebagai upaya untuk mempertahankan independensi profesional dokter dalam membuat keputusan klinis tanpa intervensi politik atau birokrasi yang berlebihan. IDI berargumen bahwa reformasi yang tergesa-gesa dan minim partisipasi organisasi profesi akan menimbulkan dampak jangka panjang berupa kerugian pada mutu layanan dan keselamatan pasien.
Aspek yang paling sensitif adalah kekhawatiran terkait perlindungan hukum bagi tenaga kesehatan. IDI secara konsisten menentang pasal-pasal yang berpotensi meningkatkan risiko kriminalisasi tenaga kesehatan atas dugaan kelalaian medis. Tuntutan IDI adalah adanya pembedaan yang jelas antara kesalahan etika dan kelalaian pidana, serta penegasan bahwa sengketa etik harus diselesaikan melalui Majelis Kehormatan Etik Kedokteran (MKEK). Penolakan ini muncul karena dokter merasa bahwa iklim kerja yang tidak aman secara hukum akan menghambat pengambilan keputusan klinis yang optimal, yang pada akhirnya merugikan masyarakat.
Pada intinya, IDI menjadi ‘musuh’ bukan karena menolak reformasi kesehatan itu sendiri, melainkan karena menolak metode reformasi yang mengabaikan otonomi profesi. Sikap tegas IDI adalah cerminan dari tanggung jawab historisnya sebagai penjaga integritas moral profesi kedokteran. IDI berjuang untuk menunjukkan bahwa kesejahteraan dan perlindungan dokter adalah syarat mutlak untuk menjamin kualitas layanan kesehatan bagi masyarakat Indonesia. Dengan demikian, penolakan IDI diposisikan sebagai upaya pertahanan demi kepentingan pasien yang lebih besar.