Pencabutan kewenangan memberikan rekomendasi SIP (Surat Izin Praktik) melalui Undang-Undang Kesehatan (UU Kesehatan) baru menandai kekalahan signifikan dalam «perang otonomi» yang dialami oleh Ikatan Dokter Indonesia (IDI). Kelemahan terbesar yang terekspos adalah kerentanan IDI terhadap intervensi regulasi Pemerintah, terutama ketika UU disusun melalui mekanisme omnibus law yang membatasi partisipasi organisasi profesi. Hilangnya peran gatekeeper dalam perizinan praktik menciptakan kerentanan kendali mutu profesi dari luar, dan IDI kini harus berjuang keras membuktikan bahwa standar profesionalisme tidak akan merosot di bawah kendali birokrasi yang sentralistik.
Namun, pencabutan kewenangan ini justru memaksa IDI untuk beradaptasi dengan menggeser fokus kekuatannya. Kekuatan IDI saat ini terletak pada otoritas moral dan integritas etika profesi yang tidak dapat dicabut oleh undang-undang. IDI memperkuat fungsi internal seperti Majelis Kehormatan Etik Kedokteran (MKEK) dan kolegium sebagai pusat kendali mutu dari dalam. IDI kini fokus pada pengawasan kode etik profesi dan memastikan bahwa Program Pengembangan Keprofesian Berkelanjutan (PKS) menjadi satu-satunya jalur mandatory bagi dokter untuk menjaga kompetensi, menunjukkan bahwa profesionalisme tetap berada di tangan profesi itu sendiri.
Kelemahan lain yang muncul adalah tantangan dalam menyamakan standar etika pasca-dihapusnya konsep organisasi profesi tunggal. Ketika muncul potensi fragmentasi organisasi dokter, IDI harus menggunakan kekuatannya dalam advokasi hukum dan opini publik untuk memastikan bahwa standar yang mereka tetapkan tetap diakui sebagai de facto standar nasional. Jika IDI gagal meyakinkan dokter muda dan organisasi profesi baru akan pentingnya kesatuan, risiko perpecahan profesi akan melemahkan daya tawar mereka dalam isu-isu krusial seperti perlindungan hukum dan kesejahteraan dokter.
Secara keseluruhan, perang otonomi ini memaksa IDI untuk bertransformasi dari organisasi yang mengandalkan kekuatan legal menjadi organisasi yang mengandalkan kekuatan moral dan ilmu pengetahuan. IDI harus secara strategis menggunakan pengaruhnya dalam pendidikan dan penelitian untuk menekan Pemerintah agar tetap mempertimbangkan masukan profesi demi keselamatan pasien. Meskipun kehilangan wewenang SIP, kekuatan inti IDI sebagai penjamin integritas profesi tidak dapat dihilangkan, menjadikan trust publik sebagai aset utama mereka dalam menghadapi reformasi sistem kesehatan nasional.